การเกิดแผลในกระเพาะอาหาร มีสาเหตุสำคัญมาจากกรดและน้ำย่อยที่หลั่งออกมาภายในกระเพาะอาหาร ร่วมกับการที่เยื่อบุเมือกในผนังกระเพาะอาหารสร้างแนวต้านทานกรดได้ไม่ดีพอ ทำให้ผนังภายในกระเพาะอาหารถูกทำลายจนเกิดแผล