ผู้ป่วยเยื่อบุโพรงมดลูกเจริญผิดที่ มักมีอาการปวดท้องประจำเดือนรุนแรง ปวดมากขึ้นในแต่ละรอบเดือน ประจำเดือนผิดปกติ รู้สึกเจ็บขณะมีเพศสัมพันธ์ ปวดท้องขณะปัสสาวะหรือถ่ายอุจจาระ เป็นต้น