การแพ้นมวัวเกิดจากกลไกการแพ้เหมือนกับการแพ้ อาหาร ยา หรือสารอื่นๆ คือระบบภูมิคุ้มกันต้านทานของร่างกาย เห็นโปรตีนในนมวัวเป็นสิ่งแปลกปลอม และพยายามกำจัดออก ทำให้เกิดอาการต่างๆจนเด็กไม่สบาย โดยเฉพาะอาการทางระบบทางเดินอาหาร นอกจากนี้ก็มีอาการของระบบอื่นๆด้วย เช่น ผิวหนัง และทางเดินหายใจ

โรคภูมิแพ้ เป็นโรคที่ร่างกายไวต่อสิ่งกระตุ้นหรือสารก่อภูมิแพ้ โดยช่วงที่พบบ่อยในเด็ก คือช่วงขวบปีแรกจะเป็นการแพ้อาหารและภูมิแพ้ผิวหนัง เมื่ออายุ 2 ปีขึ้นไปจะพบโรคภูมิแพ้ทางเดินหายใจ แพ้อากาศ และโรคหืด ส่วนโรคลมพิษ แพ้ยา หรือแพ้แมลงสัตว์กัดต่อยจะพบได้ในทุกช่วงอายุ